Biyoinformatik Analiz ve Veri Analizi Danışmanlığı

Genome wide association analysis (GWAS): Genom boyu ilişkilendirme çalışmaları, varyasyonlar ile ölçülen fenttiler arasındaki ilişkinin tespit edilmesi ve bu varyasyonların bu fenotip üzerine etkisinin büyüklüğünün modellenmesi

eQTL analizi: Gen ifadesinin değişimine katkısı bulunan genomik varyasyonların tespit edilmesi

Es-lokallestirme analizleri: Genom boyu ilişkilendirme ve gen ifadeleri varyasyonlarının ilişkilendirilmesi ve fenotipe sebep olan varyasyonun daha iyi çözünürlükte tespit edilmesi

Gen ifadesi farklılıkları (Differential gene expression) analizleri

Zaman İçerisinde Değişen Gen İfadelerinin Modellenmesi

Biyolojik yolaklarda genlerin zenginleştirilmesi analizleri

Verilen bir grup genin gen yolakları veritabanları kullanılarak incelenmesi

SNP ve küçük silinme ve eklenmelerin tüm genom, eksom veya RNA dizileme kısa okumaları kullanılarak tespiti

Somatik varyasyonların tespiti

Yeni nesil dizileme: Kopya sayısı ve yapısal varyasyonların tespiti, verilerin filtrelenmesi ve kalite kontrolü

Gen anotasyonları: Verilen varyasyonların hangi genlerde ve bu genlerin hangi izomorflarında bulunduklarının tespiti ve bu varyasyonların etkilerinin hesapsal yöntemler ile tahmin edilmesi

Karşılaştırmalı genetik analizler: Verile bir grup dizinin evrimsel ilişkilerinin filogenetik ağaçlar kullanılarak tespiti. Bu dizilerin aralarındaki evrimsel ilişkinin modellenmesi

Chip-Seq analizleri: Genom üzerinde aktif olan bölgelerin tespit edilmesi

Kısa okumaları kullanılarak yeniden birleştirilmesi. Bu tüm genom okumaları ve transcriptome okumaları için yapılabilir

Kompleks hastalıkların protein-protein ilişkilerinin kullanarak modellenmesi ve bu hastalıklarda rol alan aday genlerin tespiti

Es-ifade (co-expression) ağları: Gene ifadelerinin kullanılarak değişik dokular için genler arasındaki ifade ilişkilerinin bir ağ olarak modellenmesi ve bu ağlar içerisinde yeni yolakların tespit edilmesi.

Mikrobiota analizleri

Metilasyon analizleri

Küçük RNA’ların tespiti ve anotasyonu: Kısa okumalar kullanalar küçük RNA’ların genom üzerinde tespit edilmesi ve bu RNA’ların bilinen miRbase, DASHR ve RFAM gibi veri tabanları ile karşılaştırılması

Hasta ve sağlıklı gruplar arasında hipotez testleri

Bayes modellemesi

Parametrik devamlı ve kategorik değişkenlerin karşılaştırılması

Parametrik olmayan değişkenlerin karşılaştırılması

Popülasyon genetiği analizleri

Popülasyon veya hasta/kontrol gruplarının genetik devamlı veya kategorik karakterlerinin frekanslarının ve veryansının tespit edilmesi

Bu popülasyonlardaki parametrelerin dağılımlarının modellenmesi

Pozitif ve negatif seçilim altındaki varyasyonların tespiti

Popülasyon ya pisinin tespit edilmesi PCA (Principal Component Analysis)

Popülasyonların meta analizleri

Popülasyonların içerisinde bulunan grup etkisinin normaliz edilmesi

Popülasyonların tanımlanmasında kullanılan parametrelerin sayısının azaltılması ve önemli parametrelerin tespit edilmesi

Popülasyonların filogenetik ilişkilerinin tespit edilmesi

Popülasyonlar arasında gen aktarımlarının tespit edilmesi

Lineer regresyon ve lojistik regresyon modellemeleri ile verinin incelenmesi

Zamana bağlı kurtulma (Survival) analizleri